- Vì có nguy cơ cao gây viêm đại tràng giả mạc (xem tác dụng không mong muốn), nên clindamycin không phải là thuốc được lựa chọn đầu tiên.

- Nên dành thuốc này để điều trị những bệnh nhiễm vi khuẩn nhạy cảm với clindamycin như Bacteroides fragilis, Staphylococcus aureus và đặc biệt điều trị những người bệnh bị dị ứng với penicilin. Clindamycin được dùng trong những trường hợp sau:

• Phòng ngừa viêm màng trong tim hoặc nhiễm khuẩn do cấy ghép phẫu thuật cho những người bệnh dị ứng với penicilin hoặc những người đã điều trị lâu bằng penicilin.
• Viêm phổi sặc và áp xe phổi, nhiễm khuẩn đường hô hấp nặng do các vi khuẩn kỵ khí, Streptococcus, Staphylococcus và Pneumococcus.
• Nhiễm khuẩn trong ổ bụng như viêm phúc mạc và áp xe trong ổ bụng.
• Nhiễm khuẩn vết thương mưng mủ (phẫu thuật hoặc chấn thương).
• Nhiễm khuẩn máu.
• Sốt sản (đường sinh dục), nhiễm khuẩn nặng vùng chậu hông và đường sinh dục nữ như: viêm màng trong tử cung, áp xe vòi trứng không do lậu cầu, viêm tế bào chậu hông, nhiễm khuẩn băng quấn ở âm đạo sau khi phẫu thuật do vi khuẩn kỵ khí.
• Chấn thương xuyên mắt.
• Trứng cá do vi khuẩn đã kháng lại các kháng sinh khác.
• Hoại thư sinh hơi.

• Thời gian điều trị với clindamycin tùy thuộc vào loại bệnh nhiễm khuẩn và mức độ nặng nhẹ của bệnh. Trong các nhiễm khuẩn do các Streptococcus tan máu beta nhóm A, điều trị clindamycin phải tiếp tục ít nhất 10 ngày. Trong các nhiễm khuẩn nặng như viêm màng trong tim hoặc viêm xương tủy, phải điều trị ít nhất là 6 tuần.
• Thuốc uống được sử dụng với liều 150 - 300 mg clindamycin, 6 giờ/ lần. Liều 450 mg, 6 giờ/ lần nếu nhiễm khuẩn nặng.
• Liều uống đối với trẻ em là 3 - 6 mg/ kg thể trọng, 6 giờ/ lần. 
• Trẻ em dưới 1 tuổi hoặc cân nặng dưới 10 kg dùng 37,5 mg, 8 giờ/ lần.